Não, não é possível mudar isso fora da configuração do xorg.conf. Você pode procurar aqui:
Se as variáveis estiverem disponíveis para configuração em tempo de execução, elas dirão:
"and the value can be changed at run−time with xset(1) ..."
Você pode ver que as configurações de profundidade não têm configurações de tempo de execução:
DefaultDepth depth
specifies which color depth the server should use by default. The −depth command line option can be used to override this. If neither is specified, the default depth is driver−specific, but in most cases is 8.
DefaultFbBpp bpp
specifies which framebuffer layout to use by default. The −fbbpp command line option can be used to override this. In most cases the driver will chose the best default value for this. The only case where there is even a choice in this value is for depth 24, where some hardware supports both a packed 24 bit framebuffer layout and a sparse 32 bit framebuffer layout.