Aptana é baseado no eclipse. Portanto, dependendo do sistema operacional e do caminho da instalação, você deve conseguir localizar o eclipse.ini. Os vmargs devem ser colocados nesse arquivo. Meu arquivo no OS X se parece com isso
-startup
../../../plugins/org.eclipse.equinox.launcher_1.0.201.R35x_v20090715.jar
--launcher.library
../../../plugins/org.eclipse.equinox.launcher.cocoa.macosx_1.0.1.R35x_v20090707
-product
org.eclipse.epp.package.php.product
-showsplash
org.eclipse.platform
--launcher.XXMaxPermSize
256m
-vmargs
-Dosgi.requiredJavaVersion=1.5
-XstartOnFirstThread
-Dorg.eclipse.swt.internal.carbon.smallFonts
-XX:MaxPermSize=512m
-Xms128m
-Xmx512m
-Xdock:icon=../Resources/Eclipse.icns
-XstartOnFirstThread
-Dorg.eclipse.swt.internal.carbon.smallFonts