Isso deve funcionar em qualquer unix e, portanto, acho que também funcionaria no MacOS:
- Saia do seu aplicativo de e-mail.
- mova a pasta onde o email está armazenado para um volume criptografado.
- Coloque um link simbólico (ln -s ...) no local original apontando para o novo local.
Você precisa ter o cuidado de sempre montar o volume criptografado antes de iniciar o programa de e-mail, caso contrário ele não localizará seus arquivos e poderá fazer algo estranho.