Eu iria com o FAT32. Se houvesse necessidade de arquivos grandes, talvez eu optasse por outra coisa. Mas em um USB de 2 Gb, realmente não há problemas nessa visão. Quase tudo pode ler e escrever para ele, sendo um sistema bastante antigo nos dias de hoje.
Eu nunca experimentei nenhuma perda de arquivos, mas se você realmente quiser ter certeza, apenas remova / desmonte com segurança regularmente. A corrupção de arquivos não está muito relacionada ao sistema de arquivos em si, mas às operações pendentes no momento da remoção forçada (por assim dizer).