Se a ferramenta puder ler stdin em vez de um arquivo de texto e fornecer sua saída via stdout, essa sintaxe bash deverá executá-lo remotamente, sem a necessidade de copiar arquivos:
< "/local_path/to/input_file" ssh user@remote 'the_tool -some_option1 -option2'
Nota: alguns comandos precisam de opção ou argumento especial (por exemplo, - ) para ler stdin; alguns lêem stdin enquanto não há nenhum arquivo de entrada especificado. Eu não sei nada sobre sua ferramenta, então esta é uma abordagem genérica que você pode precisar ajustar.
O redirecionamento da saída para um arquivo local com > ou (local) tee também funcionará:
< "/local_path/to/input_file" ssh user@remote 'the_tool -some_option1 -option2' | tee "/local_path/to/output_file"
Exemplo: cat remota concatena% e local e remota /etc/hosts :
< "/etc/hosts" ssh user@remote 'cat - /etc/hosts'