Ser de código aberto não significa necessariamente que o código será examinado pelo público, ou que será totalmente auditado e devidamente examinado, mesmo que seja. Significa simplesmente que pode ser.
Para o Flash, você não tem muita escolha. Existem alguns plug-ins Flash de código aberto, mas um número muito grande de sites simplesmente não funcionará neles, pois os sites exigirão versões muito mais recentes do Flash. Se você está usando o plug-in baseado em Pepper que o Google cria no Google Chrome ( Chromium é de código aberto e não inclui o plug-in do Flash) ou a última versão compatível do plug-in do Adobe Flash que está disponível, você ainda está usando software proprietário. A única maneira verdadeira de não usar software proprietário é não usar o Flash.