Quanto à pergunta : acho que a resposta é não. Se você quiser emular a rolagem do sistema (eventos de roda do mouse) usando o segundo mouse - eu acho que isso pode ser feito apenas pelo driver (ou algum driver-like software) - por isso, se não houver tal driver / software com tais opções para o seu trackball ou mouse, então você está sem sorte. Embora seja bastante plausível que tal software possa ser escrito ou já exista (não sei).
Quanto à problemática geral da rolagem e desde que você mencionou o RSI: sinto-me solidário com esse problema. Sim, é bastante estressante para rolar com a roda do mouse e isso é necessário com muita freqüência - navegadores, editores, etc Então, este é um problema real.
Felizmente, existe uma solução excelente e gratuita para isso. Existe um aplicativo chamado Autohotkey e ele pode emular a rolagem de maneira semelhante ao que você descreve. Eu fiz um script que emula a rolagem dinâmica com movimentos do mouse. Eu tenho usado por 2 anos e é estável e bem testado, e é waaay melhor então a roda ! Eu simplesmente não posso viver sem isso agora.
Aqui está o link do github com uma descrição detalhada e instruções: link
Ele não responde à sua pergunta original, mas pode resolver o problema de rolagem. Espero que isso ajude.