O abaixo é o script do Python 3.6. O nome do arquivo precisaria ser alterado e, se a estrutura do arquivo fosse alterada no futuro, a expressão regular também exigiria alguns ajustes, mas, por enquanto, ele deve ser executado sem problemas, independentemente do número de linhas no arquivo.
import re
file = open('my_file_1.txt', 'r+')
i=1
new_file_content=""
for line in file:
p = re.compile('(\d+)')
new_file_content += p.sub(str(i), line)
i+=1
file.seek(0)
file.truncate()
file.write(new_file_content)
file.close()
# REFERENCES
# [1] https://docs.python.org/3/tutorial/inputoutput.html
# [2] https://docs.python.org/3/howto/regex.html