Sim, e eu prefiro instalar o Grub em uma partição e não no MBR, especialmente em computadores com várias inicializações.
Você precisará, no entanto, certificar-se de que o código MBR possa inicializar uma partição lógica. Tanto quanto me lembro, o código MBR que o openSuse instala fará o que você quiser (ou seja, ele apenas percorre a lista de partições até encontrar um ativo marcado e inicializa a partir dele), mas o código MBR usado pela Microsoft não somente inicializa a partir de uma partição se for uma das quatro partições primárias e for a única partição marcada como ativa).
(Se você está querendo adicionar o Grub como uma opção no menu de inicialização do Windows, então é bom usar uma partição lógica como um lugar para instalar o Grub para capturar uma imagem.)