Eu não tenho conhecimento, até agora, de qualquer implementação de USB 3 no barramento PCI / PCI-X. O chip NEC atualmente usado que implementa o protocolo USB 3.0 possui controladores PCI-Express embutidos no chip, integrados. Portanto, é altamente improvável que USB3 apareça nas configurações PCI / PCI-X.
Para o assunto, um adaptador PCI eSATA ajudaria?