A conclusão programável do Bash é algo que eu não me incomodei muito, mas acredito que isso fará o que você quiser (o NB assume o bash versão 4.0 ou mais recente. Se você roda o Ubuntu 10.04 ou mais recente, você é bom.):
alias agi='apt-get install'
_agi_completion() {
mapfile -t COMPREPLY < <(apt-cache --no-generate pkgnames "${COMP_WORDS[COMP_CWORD]}")
}
complete -F _agi_completion agi
Conclusão programável no manual do bash explica como funciona, embora seja bastante complexo.