Pode ser culpa do Compiz. Pressione Alt + F2 e digite metacity --replace . Isso desativará o Compiz e poderá aliviar o problema. Em caso afirmativo, você pode tentar limpar suas configurações de compiz (excluir .compiz em seu diretório inicial) ou reinstalar o compiz ( sudo apt-get remove compiz && sudo apt-get install compiz ).