Acredito que o Skype esteja realmente alterando o nível do seu microfone. Eu tive o mesmo problema e você pode desabilitar esse comportamento. Abra o Skype e vá para Ferramentas - Opções - Geral - Configurações de Áudio. Desmarque a opção "Ajustar automaticamente as configurações do microfone" e "Ajustar automaticamente as configurações do alto-falante". O Skype nem sempre os ajusta corretamente, por isso prefiro fazer isso sozinho.