O AutoHotKey é desnecessário. O Windows faz keymaps por meio do registro:
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Keyboard Layout]
"Scancode Map"
Além disso, as teclas Win e Right Left e CTRL têm seus próprios valores. Se você quiser que ambos mapeiem para CTRL, você precisará especificar ambos no mapa:
Janelas direitas para a direita CTRL:
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Keyboard Layout] "Scancode Map"=hex:00,00,00,00,00,00,00,00,02,00,00,00,1d,e0,5c,e0,00,00,00,00
Deixou o Windows para a esquerda CTRL:
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Keyboard Layout]
"Scancode Map"=hex:00,00,00,00,00,00,00,00,02,00,00,00,1d,00,5b,e0,00,00,00,00
Ambas as chaves do Windows:
[HKEY_LOCAL_MACHINE\SYSTEM\CurrentControlSet\Control\Keyboard Layout]
"Scancode Map"=hex:00,00,00,00,00,00,00,00,03,00,00,00,1d,00,5b,e0,1d,e0,5c,e0,\
00,00,00,00
Faça o backup do seu Registro e mescle as entradas apropriadas, reinicie o computador e pronto.
Eu pessoalmente usei o utilitário SharpKeys para mapear a tecla CTRL no meu teclado antigo para a tecla Windows ( que é falta).