Acabou sendo o controlador RAID em estado em que estava quebrado, mas ainda não quebrado. Então foi capaz de arrancar muito bem, e ver as unidades e os arrays, mas na verdade não arrancar deles. Acabei puxando o controlador e usando apenas as conexões da placa-mãe. Eu acho que preciso subir o meu tempo para atualizar para SSDs e obter um novo controlador RAID enquanto eu estou nisso.