Problemas ao instalar o Daccord no macOS

Question

Estou tentando instalar uma ferramenta de bioinformática chamada Daccord no meu Mac.

Infelizmente, minha experiência com computadores é muito limitada e minha solução de problemas é praticamente uma tentativa e erro.

O README diz:

daccord needs libmaus2 https://github.com/gt1/libmaus2. libmaus2 needs to be built with support for the GMP library. When libmaus2 is installed in ${LIBMAUSPREFIX} then daccord can be compiled and installed in ${HOME}/daccord using

autoreconf -i -f
./configure --with-libmaus2=${LIBMAUSPREFIX} \
    --prefix=${HOME}/daccord
make install

Eu instalei o libmaus2 (pelo menos espero que sim), eu também instalei o GMP, mas não tenho idéia se libmaus2 foi "construído com suporte para a biblioteca GMP".

Meu palpite é que tenho que substituir ${LIBMAUSPREFIX} pelo caminho certo? Talvez ${HOME} também.

Eu tentei /usr/local/bin porque o libmaus-README disse:

By default, make install installs the package's commands under /usr/local/bin, include files under /usr/local/include, etc.

Eu também tentei o caminho do arquivo de release libmaus .

Até agora, o resultado é sempre:

configure: error: Package requirements (libmaus2 >= 2.0.352) were not met:
No package 'libmaus2' found
Consider adjusting the PKG_CONFIG_PATH environment variable if you
installed software in a non-standard prefix.

Alternatively, you may set the environment variables libmaus2_CFLAGS
and libmaus2_LIBS to avoid the need to call pkg-config.
See the pkg-config man page for more details.

Agora, eu também tentei definir o PKG_CONFIG_PATH usando

export PKG_CONFIG_PATH=/usr/local/lib

/ usr / local / lib contém libmaus2 e muitos outros arquivos que começam com libmaus2, então eu acho que é o caminho certo. Mas

./configure --with-libmaus2=/usr/local/lib --prefix=${HOME}/daccord

ou

./configure --with-libmaus2=${LIBMAUSPREFIX} --prefix=${HOME}/daccord

Ainda resulta no erro mencionado acima.

Seria ótimo se alguém pudesse me dar algumas dicas sobre como proceder.

    

Answer 1

Parece-me que o libmaus2 não estava correto instalado, então você pode precisar realmente instalá-lo depois de tudo.

Eu não sou usuário do libmaus2, mas notei que ele diz que você precisa fornecer o diretório base do libmaus2 ao chamar o configure para um dependente.

Significa que se você configurou o libmaus2 com:

./configure --prefix=${HOME}/libmaus2

então você pode usar para criar o pacote dependente:

./configure --with-libmaus2=${HOME}/libmaus2

Eu também não tenho idéia se o libmaus2 é construído por padrão com suporte para o Biblioteca GMP, mas isso pode ser um parâmetro de configuração que você pode verificar.

EDITAR: Daccord finalmente está em execução depois de alguma ajuda do autor. Aqui está como:

Primeiro, o gmp teve que receber o caminho libmaus2:

./configure --prefix=/usr/local
make
make install

Então libmaus2 teve que ser informado sobre isso também:

./configure --with-gmp=/usr/local --prefix=/usr/local
make
make install

Em seguida, o daccord pode ser instalado com:

./configure --with-libmaus2=/usr/local --prefix=${HOME}/daccord
make install

E tudo o que precisa ser feito com a versão mais recente dos dois libmaus2 e daccord , que não estão hospedados no github, mas no gitlab.