Eu não vejo nenhum motivo para você não conseguir, e git parece concordar:
A execução de git fsck --unreachable
mostra como nó pendente, e git prune --dry-run
mostra que ele será removido.
Eu não o executaria manualmente (em um cenário de trabalho / recompra normal) - o comando git gc
tem exatamente esse objetivo: (de link )
Runs a number of housekeeping tasks within the current repository, such as compressing file revisions (to reduce disk space and increase performance) and removing unreachable objects which may have been created from prior invocations of git add.
Users are encouraged to run this task on a regular basis within each repository to maintain good disk space utilization and good operating performance.