Isto é apenas para ordenar seus repositórios dentro de grupos. Isso parece um explorador de arquivos (as "pastas" criadas são apenas virtuais).
Sobre o aplicativo do SourceTree para Mercurial / Gerenciamento de controle de versão do Git, o que exatamente o item de menu New Repository Group
faz? O que é um grupo de repositórios?
Eu examinei o documento e fiz algumas pesquisas no Google, mas nenhuma menção foi encontrada.