Resposta curta
- O MyISAM armazena apenas índices em
.MYI
files. - O InnoDB armazena em cache dados e páginas de índice (a página do InnoDB é 16K)
Não é possível para o buffer de chaves e o InnoDB Buffer Pool competirem, a menos que existam problemas de alocação de memória fora do mysqld (geralmente devido a muitas Conexões DB onde cada DB Connection aloca muita memória para sua própria sessão)
Resposta mais longa
Veja meus posts antigos
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Apr 14, 2011
: Quais são os principais diferenças entre InnoDB e MyISAM? -
Apr 24, 2012
: Como caro está abrindo e fechando uma conexão DB?