A versão atual (Versão 1.1) tem uma caixa de seleção para isso em Settings -> Appearance :
vivaldi://settings/appearance/
chamado Use Native Window :
Como posso definir o Vivaldi para usar os decoradores de janelas / bordas do meu sistema?
Com o Chrome / Chromium, você faz isso com uma opção booleana no menu de contexto da borda da janela. Eu ainda não encontrei um cenário semelhante em Vivaldi.