Em vez de usar putty, acho que você pode usar o plink. Com plink você não deve ter o problema do aplicativo fechar muito rápido em você, pois é um aplicativo de console.
Mais informações aqui: link
Estou executando o seguinte comando no console do windows:
"C:\Putty\putty.exe" -load "mySavedSession1" -m C:\somePath\localScript.txt -v
conteúdo de localScript.txt:
/somePath/update-new-ver.sh
a máquina remota é Ubuntu e eu quero que o putty execute o script remoto.
Se eu executar este /somePath/update-new-ver.sh em putty GUI na caixa de comando remoto, está funcionando bem, mas a partir do console do Windows basta abrir e fechar putty rapidinho e não consigo ver se há uma exceção lançada.
Em vez de usar putty, acho que você pode usar o plink. Com plink você não deve ter o problema do aplicativo fechar muito rápido em você, pois é um aplicativo de console.
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Tags command-line ssh putty