Sempre que eu mudo um arquivo na minha máquina (Scientific Linux 6, 64bit), sua data de modificação é definida no futuro:
bash$ touch new.txt && stat -c %y new.txt && date
2016-09-19 12:33:08.763882267 +0200
Mo 19. Sep 12:30:21 CEST 2016
Como isso pode acontecer e como posso fazer com que as datas de modificação sejam novamente? parece como se a diferença entre o tempo real e o tempo de modificação estivesse aumentando quanto mais tempo a máquina estivesse ativa.
Como confirmado nos comentários acima, você está trabalhando com um sistema de arquivos em rede em que os horários do servidor e do cliente não são sincronizados. O arquivo é criado com um registro de data e hora fornecido pelo servidor e, portanto, é 3 minutos no futuro na perspectiva de sua estação de trabalho. Isso é facilmente evitável se você estiver executando o NTP ou algum outro sistema de sincronização de tempo.