Ele não sabe exatamente como o Time Machine decide se um arquivo precisa ser armazenado em backup. Mas eu notei esse problema. Eu experimentei o TimeTracker (que eu encontrei via google, este post explica como funciona.
Descobri que o Steam atualizava alguns jogos instalados com muita freqüência, então eles eram copiados todos os dias. Também é uma boa ideia excluir Máquinas Virtuais e outros arquivos BIG que são alterados regularmente. Outro grande fator são longos arquivos de log que não são rotacionados, minha pasta Mail e outras coisas com as quais você normalmente não se incomoda.
Dica: estou usando um Time Capsule. IIRC eu tive que desmontá-lo para fazer o TimeTracker reconhecer meu TC. O artigo afirma que você precisa montar sua imagem de backup do Time Machine (ela está localizada no volume de rede do TC). Eu acho que você precisa descobrir por si mesmo se você tem um TC.