Acabou sendo o serviço Windows Search bloqueando arquivos e depois travando em si.
O Eclipse grava muitos arquivos durante a criação e a verificação de ramificações do projeto. Meu espaço de trabalho está localizado na minha pasta pessoal, que é uma das pastas indexadas pelo Windows Search . Eu acreditei que isso contribuiu para o crash do serviço.
Acabei de adicionar uma exceção ao serviço para não indexar a pasta do espaço de trabalho. Eu tenho usado o Eclipse por dias e não há mais arquivos bloqueados.
Obrigado pessoal.