Descobriu-se que o problema estava na fonte Monospace. Isso também acontece com outros programas, como o LeafPad, se eles usarem essa fonte.
A solução foi mudar a fonte para outra coisa - "Console Lucida" no meu caso.
Editar: parece que alterar o zoom também o corrige. Alguns níveis de zoom têm sublinhados invisíveis, outros não.