Estou lutando com isso também, curiosamente. Isto é o que eu tenho trabalhado até agora:
O Wine vai pegar as configurações de proxy da variável de ambiente "http_proxy". Se você estiver planejando usar as mesmas configurações de proxy durante toda a sessão, poderá alterar a variável http_proxy. Siga estas instruções: link
Se, como eu, você usa o computador em mais de uma rede, uma das quais tem um proxy e uma delas não, as coisas ficam um pouco mais complicadas. Todos os processos herdam variáveis de ambiente de ~ / .bashrc?
NB: Você pode achar útil usar o Gnome ou o KDE, ambos com interfaces gráficas para modificar as configurações de proxy.
Editar # 2: Depois de muita escavação, eu finalmente encontrei este article on BRAMP.NET descrevendo como usar o iptables para redirecionar todo o tráfego da web de saída na porta 80 através de um servidor proxy. O escritor menciona que, se o envio direto dos pacotes para o servidor não funciona, é possível configurar um servidor proxy local usando algo como Squid que apontará para o proxy de rede.
Isso deve funcionar para aplicativos que não respeitam as variáveis http_environment. Atualmente estou trabalhando para saber se isso ainda funcionará em 12.04 / 12.10 / 13.04 e como fazê-lo automaticamente usando um script dentro de /etc/network/if-up.d
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Editar # 3: Ainda mais escavações me levaram a este Postagem maravilhosa descrevendo como redirecionar todo o tráfego do sistema através de um proxy SOCKS5 configurado pelo Redsock - isso pode ser adaptável para se adequar ao problema atual.