Você pode fechar algo com Autoit
O único critério é que você deve saber o título da janela que deseja ocultar.
Por exemplo, se eu quisesse abrir uma nova instância do bloco de notas e depois ocultá-la, poderia fazê-lo com isso:
ShellExecute("notepad.exe") ;start notepad
WinWait("Untitled - Notepad", "") ;pause execution until window loads
WinSetState("Untitled - Notepad", "", @SW_HIDE) ;hide window
Autoit também pode manipular os controles na janela para executar ações específicas (por exemplo, pressionar botões)
Você ainda verá o pop-up brevemente, embora não seja realmente silencioso.