Meu melhor palpite é que ele compila o código CIL para o código nativo, para que ele não tenha que fazer isso quando você executa aplicativos .Net.
Uma pergunta nos fóruns do MSDN pede O que é o serviço de otimização da Microsoft .net? e uma das respostas aponta:
The native image cache contains code that is compiled ahead of time (instead of as the program is being run). When a .NET program is installed, it may instruct this service to compile the native image in the background.
Embora essa questão se refira ao serviço .Net Optimization, eu esperaria que a tarefa à qual você está se referindo basicamente inicie esse serviço e permita que ele execute a otimização para todos os itens enfileirados.