Em termos de recursos prontos para uso, você pode clicar com o botão direito do mouse em uma guia e clicar em "Mover para nova instância". Ele irá criar uma nova janela Notepad ++ para você. Na nova janela, você pode simplesmente criar as colunas de divisão novamente.
Pessoalmente, acho que isso funciona bem quando você tem dois monitores - você mantém uma instância do Notepad ++ por monitor.