Eu não sei se os sistemas de arquivos ext suportam um sinalizador de arquivo, mas duvido, já que nunca encontrei e este artigo parece implicar que é uma coisa da Microsoft.
A forma como os backups incrementais são feitos no Linux é tipicamente usar o RSYNC (ou um programa que o chama). O RSYNC (por padrão) analisa os carimbos de data e hora do software e atualiza com base neles. Se você está querendo "diffs", uma boa maneira de fazê-los é usar "rsnapshot", que usa rsync e symlinks para fazer backup apenas dos novos arquivos, mas usando links simbólicos cria a aparência de fazer backup de tudo - então você tem uma estrutura completa . Também gira os arquivos mais antigos.