Eu tive o mesmo problema e não consegui encontrar uma maneira de limitar o Skydrive diretamente. Aparentemente, havia uma configuração no antigo aplicativo Skydrive, mas não na solução Skydrive integrada para o Windows 8.1.
Acabei usando o Netbalancer , que permite limitar o uso da largura de banda de qualquer programa em execução com o clique direito em > editar prioridade.
O Netbalancer é gratuito (apenas ignore o aviso de expiração do teste, é apenas para a versão avançada).
Embora o Netbalancer funcione bem, eu pessoalmente não quero que ele funcione constantemente. Então agora eu só uso meu SkyDrive de 200GB para armazenar backups que eu carrego uma vez e espero que nunca mais toque de novo, para todo o resto eu uso o Dropbox.