O caminho /usr/local/bin/ indica que você instalou uma versão personalizada do ffmpeg. A versão que você instalou com apt-get install está localizada em /usr/bin/ (sem a parte "local"). Para executar a versão do apt-get instalada, execute
/usr/bin/ffmpeg
Você pode remover /usr/local/bin/ffmpeg ou marcá-lo como não exportável com sudo chmod -x /usr/local/bin/ffmpeg . Execute hash -r para que a alteração tenha efeito no shell atual. Efetue logout e login novamente para que a alteração tenha efeito para todos os aplicativos gráficos.
Assim que /usr/local/bin/ffmpeg tenha sido tratado com um dos métodos mencionados acima, simplesmente chamar ffmepg iniciará o que está em /usr/bin/ffmpeg por padrão.
Editar Adicionadas informações do @Ramchandra_Apte sobre como fazer isso sem uma reinicialização completa.