Duas opções vêm à mente:
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Audacity (gratuito / código aberto + multiplataforma) - fornece processamento em lote de arquivos de áudio usando algo chamado Chains. Você pode selecionar de uma lista de efeitos, filtros e edições. Aqui está um exemplo em vídeo do processo . Consulte os documentos do Audacity para obter mais informações. O suporte a MP3 é fornecido como uma instalação separada (gratuita), dependendo do seu sistema operacional - por exemplo, Codificador LAME.
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Adobe Audition (pago + Windows / OSX ) - Suporta processamento em lote de arquivos de áudio com múltiplos efeitos, filtros, etc. Mais recursos e interface mais clara do que o Audacity. Chamado Favoritos em Audition this video fornece uma introdução rápida ao sistema e este guia também pode ajudar.