So, since all the preference files (~/.*) were moved to the new installation
Parece que eles não eram para mim.
O comando cp que você usou pode não ter copiado pastas / arquivos ocultos que estão em seu diretório pessoal. Dado que é onde a grande maioria (se não todas) as preferências específicas do usuário são mantidas, parece provável que elas não tenham sido copiadas.
execute isto na sua pasta pessoal OLD
ls -la
Para mostrar uma listagem de pastas com pastas ocultas. Todos eles começam com. Você pode tentar copiá-los um por um ou fazer algo assim:
cp -var {.config,.VirtualBox,.mozilla} /your/new/home/folder/location
Dito isto, sempre fui um fã do rsync
rsync -var --progress /home/CHK /newhome
Após a cópia finalizada, verifique se a propriedade da pasta está correta, emitindo
chown -R CHK:CHK /home/CHK
ps. Também -p e --preverse-all são os mesmos