Essa é uma pergunta bem ampla, mas os contras (assim como os amplos) podem ser assim:
SLI / Crossfire - requer alguns ajustes, configuração para trabalhar
Duas cartas exigem mais poder
Duas cartas adicionam calor
Duas cartas correm dois ventiladores = um pouco mais de barulho
A maioria sugere que um único cartão mais poderoso lhe dará menos dor de cabeça, funcionará com mais software e usará menos energia (juntamente com os outros pontos listados acima).