Seu comando, wmctrl -k on é respeitado pelo Openbox que é o gerenciador de janelas usado no LXDE e funciona para mim (sessão Openbox do Lubuntu 14.04 LTS).
Se não funcionar por algum motivo, instale xdotool do centro de software e use este comando:
xdotool key super+d
O que este comando faz é o mesmo que pressionar simultaneamente Super + d que é o botão Openbox para minimizar todas as janelas ou mostrar todas as janelas, a menos que você modifique sua lxde-rc.xml ou lubuntu-rc.xml ou rc.xml , um arquivo normalmente localizado em ~/.config/openbox .