Como você disse, em Settings , Features , App distinct , clique em + e insira o nome do executável, como vim.exe (para vários aplicativos, use | , como% co_de Em seguida, você pode verificar o vim.exe|nano.exe e escolher o esquema de cores que deseja aplicar para o aplicativo. No meu caso, tive que reiniciar o ConEmu para que ele tivesse efeito.