Um colega finalmente encontrou uma solução (com a ajuda de outro!).
Acabamos de adicionar uma rota personalizada para o endereço que precisávamos resolver da vpn, então algo como
sudo route add -net 1.2.3.4 11.22.33.44 255.255.255.0
onde o 1.2.3.4
é o ip que precisamos ser resolvido do gateway vpn ( 11.22.33.44
) e depois alteramos no pool de conexão do weblogic o nome do banco de dados com diretamente o ip.
Parece funcionar! : D