Não sei se isso funcionará no zsh, mas espero que seja no bash (embora não tenha testado totalmente):
for f in */*/*
do
mv "$f" "$(dirname "$(dirname "$f")")"
done
for f in */*
do
if [ –d "$f" ]
then
rmdir "$f"
fi
done
P.S. No Unix (ao contrário da botânica, ou seja, no mundo real), as árvores têm suas raízes no topo. Portanto, essa operação seria considerada mover arquivos para cima na estrutura de diretórios.