Se você não é avesso a usar o terminal, há um pacote chamado qpdf que você pode instalar. Está no centro de software. Para remover proteções do seu arquivo, você pode usar algo assim:
qpdf --password=your_password --decrypt yourfile.pdf output.pdf
Isso deve fazer o trabalho. Como uma nota lateral, outra ferramenta útil (também linha de comando) para trabalhar com arquivos pdf é o pdftk.
Exemplo de man pdftk
:
pdftk secured.pdf input_pw foopass output unsecured.pdf
Espero que ajude!