Além do Seahorse, que é apenas o gerenciador de chaves, você precisa de um pacote chamado seahorse-nautilus
para poder criptografar / descriptografar arquivos com o Nautilus.
Adiciona um item de menu ao menu de contexto do botão direito do mouse que permite criptografar um arquivo diretamente do gerenciador de arquivos.
Nota: Este é o nome do pacote no Ubuntu 14.04. Outras versões podem ter um nome de pacote diferente.
Nota adicional: Pode ser necessário sair da sessão atual e fazer o login novamente para que tudo funcione corretamente após a instalação dos pacotes necessários.