Você pode restringir o que pode ser feito com uma chave SSH específica, portanto, se você puder restringir a chave ao mínimo, deverá ser razoavelmente seguro usar o mesmo usuário. A opção mais segura é implementar as duas opções, no entanto; -)
A página do sshd tem os detalhes, mas a seguinte linha em ~/.ssh/authorized_keys
só permitiria que o comando especificado fosse executado e não permitiria outras operações, como o encaminhamento de porta. Também restringe o acesso a clientes de uma sub-rede IP específica.
command="/usr/local/bin/dobackup",from="1.2.3.0/24",no-pty,no-port-forwarding,no-agent-forwarding,no-X11-forwarding ssh-rsa AAAA...== [email protected]