Ok, consertei o jeito sujo, mas funciona muito bem, então vou compartilhá-lo para os interessados em corrigir esse problema. Primeiro de tudo, acho que estava certo quando disse que o Windows + E é "codificado" com configurações predefinidas, porque o explorer.exe se comporta dessa maneira quando nenhum parâmetro é enviado. Não há nada que possamos fazer para mudar como isso será exibido.
No entanto, notei que, se um caminho for especificado na linha de comando, ele será exibido de acordo com as opções de pasta. Portanto, uma chamada para: explorer "%userprofile%\My Documents"
fará exatamente o que é necessário e não mais (e as chaves de setas serão capturadas no painel direito se a barra do explorador estiver configurada para ser ocultada).
Para corrigir:
1) crie um arquivo de lote que chame: explorer "%userprofile%\My Documents"
2) crie um atalho deste arquivo na área de trabalho com um atalho de teclado (como CTRL + ALT + H que eu uso no Linux)
3) configure esse atalho para que a janela de linha de comando inicie minimizada
4) nunca use o Windows + E novamente e aproveite a navegação rápida de arquivos