Pelo que eu posso dizer, o NotePad ++ usa o WinAPI FindFirstFile () para filtrar os arquivos, que eu acho que não tem a funcionalidade de encontrar arquivos sem nenhuma extensão. Se você quiser apenas pesquisar por arquivos, pode ser melhor servido com um programa de pesquisa de arquivos dedicado. Há algumas recomendações aqui:
Muitos programas suportam expressões regulares e esse regex deve funcionar para localizar arquivos sem uma extensão: ^[^\.]+$