O artigo Atualizar programaticamente a política local no Windows descreve uma biblioteca .NET que pode ajudar com esse problema.
Se você não deseja escrever um programa .net, a solução mais simples seria criar um A macro AutoHotkey , possivelmente compilada em um .exe, que fará as manipulações da GUI que criam essa política de grupo.
Se você estiver usando o Windows 8 ou o Server 2012, a configuração da QoS será possível por meio do PowerShell: