Salve isso como um arquivo em lotes na raiz da sua árvore:
@echo off
for /r /d %%x in (*) do (
pushd "%%x"
echo %%x
for /F "delims=" %%i in ("%%x") do (
ren *.mkv "%%~ni.mkv" 2> NUL
ren *.avi "%%~ni.avi" 2> NUL
ren *.mp4 "%%~ni.mp4" 2> NUL
)
popd
)
Isenção de responsabilidade: não me responsabilizo por danos causados.
Embora eu tenha testado na lista que você deu, eu recomendo que você faça backup dos arquivos antes de executar o arquivo em lote.