Por usuário, a personalização do Gtk3 é feita em ~/.config/gtk-3.0/gtk.css
(para ser mais preciso, em $XDG_CONFIG_HOME/gtk-3.0/gtk.css
, que geralmente é avaliado acima).
Se você deseja personalizar um aplicativo, edite e salve o arquivo gtk.css e reabra o aplicativo. Quando estiver satisfeito com os resultados, você poderá aplicar as alterações ao tema do sistema ou deixá-las como estão.
Na atualização do Ubuntu, a personalização do seu tema será revertida (se você a aprovar) se você editou o tema do sistema, então é melhor copiar e renomear o tema do sistema que você gosta e depois personalizá-lo; ou para customizar o tema apenas por um usuário usando o arquivo gtk.css em seu diretório .config/gtk-3.0
.