sed
aceita vários nomes de arquivos como argumentos. Basta passá-los:
sed -i '1,2d' file1.txt file2.txt file3.txt
Se os nomes dos arquivos seguirem um determinado padrão, você pode obter ajuda da globalização shell para o acima:
sed -i '1,2d' file{1..3}.txt
Para todos os arquivos .dat
no diretório atual:
sed -i '1,2d' *.dat