A resposta mais provável é que você tenha ingressado em um domínio e sua conta móvel não esteja sincronizando adequadamente com o servidor. Isso significa que, quando você fizer login novamente, os arquivos excluídos serão restaurados a partir da sua conta de roaming.
Se você não estiver em um domínio do Windows, poderá ter algum software de backup com defeito, que pode causar um problema semelhante.