Tem certeza de que não está "indexando" arquivos ?! Ou atualizando? !!!
A indexação é incrivelmente intensiva em recursos, especialmente quando o Windows é instalado recentemente. Há muitos outros processos intensos de recursos, como atualizações que também podem estar acontecendo. É realmente ruim não saber o que realmente está acontecendo e eu desejo que a Microsoft torne este tipo de atividade mais visível. Mas eles não. Sua única esperança em ver o que realmente está acontecendo seria observar o gerenciador de tarefas (e a barra de tarefas) e ler alguns registros.
Dito isto, sugiro também que NÃO utilize o McAfee ou o Norton! Esses programas são especialmente intensos em recursos e não fazem um trabalho muito melhor do que o Security Essentials gratuito da própria Microsoft. Na verdade, o McAfee e o Norton não são totalmente desinstalados, o que pode ser mais um motivo para evitá-los. E dependendo de quem você pergunta, alguns especialistas podem até dizer que o MSE é melhor! Portanto, não carregue o sistema com lixo extra, como proteção contra vírus redundante. Basta instalar / ativar / atualizar o MSE e seu firewall e você deve estar pronto.
Além disso, não instale apenas sobre uma instalação anterior do Windows ou faça o processo de atualização do sistema operacional. Eu não tenho certeza do que você quer dizer com "limpeza completa", mas se você quiser realmente reinstalar uma versão "nova" do Windows, então você precisará completamente re-particionar e reformatar todo o disco rígido - não apenas limpar o Unidade do Windows (aka C :).
Uma outra coisa que você pode querer olhar é se tiver mais alguma coisa na sua rede. Por exemplo, se você tiver um servidor de arquivos ou outro computador de mesa em execução, talvez esteja sendo atacado por um vírus / worm de dentro de sua própria rede. Algumas impressoras sofisticadas conectadas à rede também podem fazer isso (não ria). Eu não sei se isso é algo que você realmente precisa se preocupar, mas sabe-se que isso aconteceu. Portanto, o melhor conselho que pode haver para acabar com tudo pelo menos até você conseguir colocar o Windows em funcionamento.
A última coisa que eu posso apontar é hardware. Então, você tem certeza que seu disco rígido não é realmente o problema - ou talvez um flash drive esquecido não é ?! Você disse que tinha que sacudir o sistema para soltar algo. Isso sugere que algo pode não estar conectado corretamente ou que há uma falha / conexão intermitente em algum lugar. Pode ser qualquer coisa, desde um conector de Ethernet ruim até outra unidade em algum lugar, que pode ser qualquer coisa, desde uma unidade flash até um dispositivo de armazenamento NAS ou até mesmo uma partição de disco rígido diferente. Então, novamente, poderia ser um problema de alocação de RAM ou até mesmo algo tão estúpido quanto o RAID (no BIOS). Então, verifique essas coisas também.
Eu não posso dizer se isso vai ajudar, mas pelo menos é um começo. Boa sorte.